PDB 3D Viewer
Analizza strutture proteiche da file PDB: parser testuale, statistiche atomi/residui/catene e formula molecolare. Nessuna libreria 3D - la struttura non lascia il browser.
Carica struttura
Bioinformatica Strutturale - risorse per studenti IT
Questo tool supporta studenti dei corsi in bioinformatica strutturale di:
- Tor Vergata - corso magistrale Bioinformatica con laboratori strutturale
- Sequence Alignment Viewer - visualizza allineamenti FASTA e CLUSTAL
Approfondisci la teoria con la serie UniAppunti / Bioinformatica.
Come utilizzare PDB 3D Viewer
Carica una struttura
Inserisci un PDB ID a 4 caratteri (es. 1AKE, 4HHB) e scarica il file da RCSB, oppure carica un file .pdb locale (max 50 MB), oppure premi "Carica esempio" per una piccola struttura di test.
Consulta le statistiche
Il tool calcola automaticamente atomi totali, residui unici, catene presenti e formula molecolare aggregata a partire dalle righe ATOM/HETATM.
Filtra la tabella atomi
Restringi la tabella per catena e/o nome residuo, poi naviga tra le pagine (50 atomi per pagina).
Passa alla visualizzazione 3D
Per esplorare la struttura in 3D interattivo, apri il link diretto a RCSB PDB oppure usa Mol* (molstar.org) o PyMOL: questo tool fornisce solo analisi testuale.
Suggerimenti
- Usa "Carica esempio" per vedere subito 5 atomi di Alanina (ALA) e capire come leggere la tabella prima di caricare una struttura reale.
- Filtra per catena quando analizzi complessi multi-subunità (es. omodimeri o eterocomplessi con più catene).
- La formula molecolare aggregata riflette solo gli atomi presenti nelle righe ATOM/HETATM del file caricato: gli idrogeni spesso non risolti a raggi X non sono conteggiati.
Domande frequenti
Il tool mostra una visualizzazione 3D della proteina?
No, è un parser e analizzatore testuale del formato PDB: legge le righe ATOM/HETATM ed estrae dati e statistiche, ma non renderizza un modello 3D. Per la visualizzazione interattiva usa i link forniti a molstar.org o PyMOL.
Da dove vengono scaricate le strutture quando inserisco un PDB ID?
Da RCSB PDB (files.rcsb.org), il database ufficiale mondiale delle strutture proteiche e macromolecolari, tramite il file .pdb pubblico associato all'ID a 4 caratteri.
Che dati estrae da ogni riga ATOM/HETATM?
Serial number, nome atomo, nome residuo, catena, numero di sequenza del residuo, coordinate X/Y/Z in Angstrom e simbolo dell'elemento, leggendo le colonne a posizione fissa definite dal formato PDB (wwPDB file format).
Il file che carico viene inviato a un server del sito?
No, il parsing del file .pdb avviene interamente nel browser. L'unica richiesta di rete è il download diretto da RCSB quando usi la ricerca per PDB ID; se carichi un file locale, il contenuto non lascia mai il dispositivo.
Che limiti ha il caricamento file?
Sono accettati solo file con estensione .pdb, con dimensione massima 50 MB; file più grandi o con estensione diversa vengono rifiutati con un messaggio di errore.