Sequence Alignment Viewer
Allineamento globale di sequenze DNA o proteiche con algoritmo Needleman-Wunsch. Tool client-side: la tua sequenza non lascia il browser.
Sequenze in input
FASTA con header > o DNA/proteina grezzo (A-Z). Max 100 caratteri.
FASTA con header > o DNA/proteina grezzo (A-Z). Max 100 caratteri.
Risultato allineamento
| match. mismatch gap- inserzione/delezione
ACGTACGTACGTAAGCTAGCTAGC-
ACGTAGGTACGTAA-CTAGCTAGCT
Per studenti di Bioinformatica
L'algoritmo di Needleman-Wunsch (1970) è il fondamento dell'allineamento globale. Usa la programmazione dinamica per trovare l'allineamento ottimale tra due sequenze intere, minimizzando penalità per gap e mismatch.
Questo tool fa parte della sezione Università e supporta studenti delle magistrali in Bioinformatica di:
- UniBa - primo corso magistrale Bioinformatica del Sud Italia
- Tor Vergata - Bioinformatica con 1/3 percorso in laboratorio
Approfondisci la teoria con la serie UniAppunti / Bioinformatica.
Come utilizzare Sequence Alignment Viewer
Inserisci le due sequenze
Incolla Sequenza A e Sequenza B in formato FASTA (con header >) o come DNA/proteina grezzo, oppure clicca "Carica esempio" per un caso pronto.
Imposta i parametri di scoring
Regola match score, mismatch penalty e gap penalty per adattare l'algoritmo Needleman-Wunsch al tuo caso di studio.
Leggi l'allineamento e le statistiche
Consulta score, identity %, gap % e numero di match/gap; scorri le righe multi-carattere con i simboli | (match), . (mismatch) e spazio (gap).
Approfondisci con le risorse UniAppunti
Usa i link alla sezione Università e alla serie Bioinformatica per studiare la teoria dietro l'algoritmo di Needleman-Wunsch.
Suggerimenti
- Usa "Carica esempio" per vedere subito un allineamento con match, mismatch e gap misti.
- Aumenta il valore assoluto del gap penalty per penalizzare più severamente le inserzioni/delezioni nell'allineamento.
- Con sequenze molto simili, un mismatch penalty più negativo evidenzia meglio le differenze puntuali tra le due sequenze.
Domande frequenti
Che algoritmo usa il tool per allineare le sequenze?
Needleman-Wunsch (1970), un algoritmo di programmazione dinamica O(n*m) per l'allineamento globale, cioè che allinea le due sequenze dall'inizio alla fine senza troncature.
Qual è la lunghezza massima di sequenza supportata?
100 caratteri per sequenza. Oltre questo limite il testo viene troncato automaticamente per garantire performance nel browser, dato che la matrice di programmazione dinamica cresce O(n*m).
Cosa significano i simboli | . e lo spazio nella riga centrale dell'allineamento?
Il simbolo | indica un match esatto tra le due basi o amminoacidi, il punto . indica un mismatch (basi diverse allineate), lo spazio indica una posizione di gap (inserzione o delezione).
Le mie sequenze vengono inviate a un server?
No, il calcolo avviene interamente nel browser tramite JavaScript client-side: la sequenza non lascia mai il tuo dispositivo.
Come influenzano i parametri di scoring il risultato dell'allineamento?
Un match score più alto favorisce allineamenti con più corrispondenze esatte; un gap penalty meno negativo rende più conveniente inserire gap invece di forzare un mismatch, cambiando la forma dell'allineamento ottimale.