🧬 Codon Usage Calculator
Analisi codon usage bias e RSCU (Relative Synonymous Codon Usage) da sequenza FASTA o DNA grezzo. Tool client-side: la tua sequenza non lascia il browser.
📝 Sequenza in input
Supporta FASTA (header con >) o DNA grezzo. Solo A/C/G/T (case-insensitive). Altri caratteri ignorati.
📊 Statistiche
Top 10 codoni più frequenti
| Codone | AA | Conteggio | Frequenza % | RSCU |
|---|---|---|---|---|
| GCA | A | 60 | 75.95% | 4 |
| CTG | L | 5 | 6.33% | 5 |
| CAG | Q | 5 | 6.33% | 2 |
| GAG | E | 4 | 5.06% | 2 |
| ATG | M | 2 | 2.53% | 1 |
| TTA | L | 1 | 1.27% | 1 |
| GTA | V | 1 | 1.27% | 2 |
| GTG | V | 1 | 1.27% | 2 |
| TTT | F | 0 | 0% | 0 |
| TTC | F | 0 | 0% | 0 |
RSCU: valore >1 indica preferenza per quel codone tra i sinonimi del suo amminoacido. <1 indica codone sotto-utilizzato. =1 nessun bias.
📚 Per studenti di Bioinformatica
Questo tool fa parte della sezione Università e supporta studenti delle magistrali in Bioinformatica di:
- UniBa - primo corso magistrale Bioinformatica del Sud Italia
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- Polimi + UniMi - Bioinformatics for Computational Genomics congiunto
Approfondisci la teoria con la serie UniAppunti / Bioinformatica.
Come utilizzare Codon Usage Calculator
Incolla una sequenza FASTA o DNA grezzo
Incolla nella textarea una sequenza in formato FASTA (con intestazione ">") oppure semplice sequenza di basi A/C/G/T. Caratteri non validi vengono ignorati automaticamente.
Oppure carica la sequenza di esempio
Usa il pulsante "Carica esempio" per popolare il campo con una sequenza dimostrativa già pronta, utile per capire subito il formato delle statistiche prodotte.
Leggi lunghezza, GC content e codoni totali
Il tool calcola in tempo reale la lunghezza della sequenza pulita, la percentuale di GC content e il numero totale di codoni tradotti (triplette di basi).
Analizza la tabella dei top 10 codoni e l'RSCU
Osserva i 10 codoni più frequenti con il relativo amminoacido, conteggio, frequenza percentuale e valore RSCU (Relative Synonymous Codon Usage) per individuare il bias di utilizzo dei codoni sinonimi.
Suggerimenti
- Rimuovi introni e regioni non codificanti prima di incollare la sequenza, altrimenti le statistiche di codon usage risulteranno distorte rispetto alla sola CDS (coding sequence).
- Un GC content molto alto o molto basso può indicare l'organismo di provenienza: batteri come alcuni Streptomyces hanno GC content oltre il 70%, mentre altri organismi restano sotto il 40%.
Domande frequenti
Cos'è il codon usage bias e perché è importante?
Il codon usage bias è la tendenza di un organismo a usare preferenzialmente alcuni codoni sinonimi (che codificano lo stesso amminoacido) rispetto ad altri. È rilevante in bioinformatica per l'ottimizzazione dell'espressione genica, il design di costrutti sintetici e lo studio evolutivo delle sequenze.
Come si interpreta il valore RSCU?
RSCU (Relative Synonymous Codon Usage) confronta la frequenza osservata di un codone con quella attesa se tutti i codoni sinonimi fossero usati in modo uniforme. Un valore maggiore di 1 indica preferenza per quel codone, minore di 1 indica sotto-utilizzo, uguale a 1 indica nessun bias.
Perché la sequenza deve essere multipla di 3?
I codoni sono triplette di basi: la lettura avviene a blocchi di 3 caratteri a partire dalla prima posizione della sequenza pulita. Se la lunghezza non è multipla di 3, gli ultimi 1 o 2 caratteri residui non vengono conteggiati come codone completo.
La mia sequenza genetica lascia il browser quando la analizzo?
No. Il calcolo di GC content, conteggio codoni e RSCU è interamente client-side in JavaScript: la sequenza non viene mai inviata a nessun server, né salvata da nessuna parte.
Il tool riconosce anche i codoni di stop?
Sì, i codoni di stop (TAA, TAG, TGA) sono inclusi nella tabella genetica standard usata dal calcolatore e vengono contati come qualsiasi altro codone nelle statistiche di frequenza e RSCU.